Да, минимальные взносы исходя из МРОТ за руководителя уплачиваются за любой месяц, когда выплаты в его пользу были менее МРОТ. Даже если в среднем по итогам квартала сумма ежемесячного вознаграждения директору составляет больше МРОТ.

Соответственно, взносы с МРОТ за руководителя нужно уплачивать, в том числе в случае, когда в конкретном месяце ему ничего не платили из-за того, что он был:

в отпуске;

на больничном.