Выбытие товаров из-за наступления событий, не зависящих от воли налогоплательщика, НДС не облагают.

При утрате товаров в результате ЧС, в т.ч. атак БПЛА, ранее правомерно принятый к вычету по таким товарам НДС не восстанавливают.

Убытки, полученные в результате ЧС (в т.ч. затраты на ликвидацию последствий атак БПЛА), включают во внереализационные расходы отчетного (налогового) периода, в котором уничтожены ТМЦ.

Источник: КонсультантПлюс