В письме приведен пример: в I квартале покупатель перечислил предоплату в счет предстоящей поставки товаров и принял к вычету НДС, предъявленный продавцом по этой сумме. Товары были отгружены во II квартале, а приняты на учет покупателем в III квартале. Последний может восстановить НДС в III квартале.
Также обращено внимание на следующее. Если покупатель получил первичные документы и счета-фактуры несвоевременно (после представления декларации по НДС), то это не является основанием для невосстановления налога.