Для резидентов одних ТОР, у которых есть обособленные подразделения в других, предусмотрены пониженные ставки по налогу на прибыль. Ведомство пояснило, что в таком случае налогоплательщик должен по каждому соглашению формировать отдельную налоговую базу. При этом данные базы распределяются между обособленными подразделениями в разных субъектах РФ по общему порядку. К ним применяются ставки, которые установили эти субъекты.

Аналогичный вывод Минфин уже приводил.

Источник: КонсультантПлюс