Условие о НДС в госконтракте не делает предпринимателей на УСН автоматическими плательщиками этого налога. Но в одном случае платить НДС все же придется. 

Федеральная налоговая служба в письме № СД-4-3/12950@ от 10.10.2023 сообщила о том, что если в госконтракте на поставку товаров (работ, услуг) их стоимость указана с НДС, у организации или индивидуального предпринимателя на упрощенной системе налогообложения (УСН) не возникает обязанности уплачивать этот налог. 

Однако правило будет действовать, только если организация или ИП не выставили счет-фактуру (по общему правилу, они не обязаны это делать).

Если счет-фактура с выделенной суммой НДС будет выставлена, налог придется уплатить. 

Таким образом, указание в госконтракте цены с НДС само по себе не обязывает продавца, который применяет УСН, выставлять счет-фактуру, но если он это сделает, то обязан уплатить налог в соответствии с п. 5 ст. 173 НК РФ. 

Источник: ППТ.РУ