Зачет или возврат сумм излишне уплаченной платы предлагается осуществлять на основании заявления лица, обязанного вносить плату, в срок не позднее 3 месяцев с даты получения территориальным органом Росприроднадзора заявления о зачете излишне уплаченных сумм платы в счет будущего отчетного периода или заявления о возврате излишне уплаченных сумм платы, оформленным согласно приложениям к разработанному порядку.
Зачет сумм излишне уплаченной платы предлагается территориальным органом Росприроднадзора лицу, обязанному вносить плату, по результатам проведения контроля платы и отражается в акте проведения контроля за исчислением платы.
При отражении в акте контроля платы факта занижения размера исчисленной или внесенной фактической платы выставляется требование о доначислении и довнесении в бюджеты бюджетной системы РФ платы за негативное воздействие на окружающую среду.
Лицо, обязанное вносить плату, вправе запросить сверку платежей, направив заявление в форме электронного документа о проведении совместной сверки расчетов сумм внесенных или начисленных сумм платы за негативное воздействие на окружающую среду. С предложением о проведении совместной сверки расчетов сумм внесенных или начисленных сумм платы за негативное воздействие на окружающую среду обращается территориальный орган Росприроднадзора в случае несоответствия информации, приведенной лицом, обязанным вносить плату, в заявлении о зачете или возврате излишне уплаченных сумм платы, информации, имеющейся у территориального органа.