Верховный Суд РФ указал, в частности, следующее.
В соответствии с пунктом 1 статьи 16 Федерального закона от 10 января 2002 г. N 7-ФЗ в редакции Федерального закона от 29 декабря 2015 г. N 404-ФЗ "О внесении изменений в Федеральный закон "Об охране окружающей среды" и отдельные законодательные акты Российской Федерации", действующей с 1 января 2016 года, плата за негативное воздействие на окружающую среду взимается за следующие его виды: выбросы загрязняющих веществ в атмосферный воздух стационарными источниками; сбросы загрязняющих веществ в водные объекты; хранение, захоронение отходов производства и потребления (размещение отходов).
Федеральным законом от 21 июля 2014 г. N 219-ФЗ "О внесении изменений в Федеральный закон "Об охране окружающей среды" и отдельные законодательные акты Российской Федерации" Федеральный закон от 10 января 2002 г. N 7-ФЗ дополнен статьей 16.1, введенной в действие с 1 января 2016 года
Согласно указанной норме плату за негативное воздействие на окружающую среду обязаны вносить юридические лица и индивидуальные предприниматели, осуществляющие на территории Российской Федерации, континентальном шельфе Российской Федерации и в исключительной экономической зоне Российской Федерации хозяйственную и (или) иную деятельность, оказывающую негативное воздействие на окружающую среду, за исключением юридических лиц и индивидуальных предпринимателей, осуществляющих хозяйственную и (или) иную деятельность исключительно на объектах IV категории.
Плательщиками платы за негативное воздействие на окружающую среду при размещении отходов, за исключением твердых коммунальных отходов, являются юридические лица и индивидуальные предприниматели, при осуществлении которыми хозяйственной и (или) иной деятельности образовывались отходы. Плательщиками платы за негативное воздействие на окружающую среду при размещении твердых коммунальных отходов являются региональные операторы по обращению с твердыми коммунальными отходами, операторы по обращению с твердыми коммунальными отходами, осуществляющие деятельность по их размещению (пункт 1).
По смыслу приведенного предписания обязанность по внесению платы за негативное воздействие на окружающую среду возложена на юридических лиц и индивидуальных предпринимателей, от хозяйственной и (или) иной деятельности которых образовались отходы, за исключением твердых коммунальных отходов; региональных операторов по обращению с твердыми коммунальными отходами; операторов по обращению с твердыми коммунальными отходами, осуществляющих деятельность по их размещению. При этом от исполнения подобной обязанности освобождены юридические лица и индивидуальные предприниматели, осуществляющие хозяйственную и (или) иную деятельность исключительно на объектах IV категории.
В отличие от названных законоположений оспариваемые второй, седьмой, восьмой и тринадцатый абзацы Письма Росприроднадзора от 3 июня 2013 года N ВК-06-01-36/7676 "О плате за размещение отходов" определяют в качестве плательщиков данного публично-правового платежа только собственников отходов, не делают исключения в исполнении такой обязанности для юридических лиц и индивидуальных предпринимателей, осуществляющих хозяйственную и (или) иную деятельность исключительно на объектах IV категории; не выделяют из числа отходов твердые коммунальные отходы; разъясняя, что платным является само негативное воздействие на окружающую среду, а не хозяйственная деятельность, исключают из числа плательщиков специализированные организации - региональные операторы по обращению с твердыми коммунальными отходами, операторы по обращению с твердыми коммунальными отходами, осуществляющие деятельность по их размещению.
Анализ указанного Письма позволяет сделать вывод о том, что оно, формально не являясь нормативным правовым актом, фактически в оспариваемых абзацах содержит нормативные предписания, рассчитанные на многократное применение, которые приобретают обязательный характер для неограниченного круга лиц, обязанных вносить плату за негативное воздействие на окружающую среду, в том числе за размещение отходов, через правоприменительную деятельность территориальных органов Росприроднадзора.
Таким образом, абзацы второй, седьмой, восьмой и тринадцатый Письма Росприроднадзора от 3 июня 2013 года N ВК-06-01-36/7676 "О плате за размещение отходов" противоречат нормативным правовым актам, имеющим большую юридическую силу, что влечет признание их не действующими со дня вступления в силу изменений, внесенных в нормативное правовое регулирование правоотношений, возникающих в связи с взиманием платы за негативное воздействие на окружающую среду, а именно с 1 января 2016 года.