На 2024 год запланирован общий объем доходов ФОМС в сумме 3,7 трлн рублей. Основным источником доходов бюджета являются страховые взносы на ОМС (в 2024 году 85%). Бюджет планируется дефицитным. В 2024 году данный показатель определен в объеме 147 млрд руб.

Расходы в 2024 году запланированы в размере 3,8 трлн рублей, из них в региональные фонды планируется направить 3,1 трлн рублей. Бюджет впервые включает расходы на медицинскую помощь жителям новых регионов - 51,8 млрд рублей, в том числе 422 млн рублей на высокотехнологичную помощь, не включенную в базовую программу ОМС.