По НК РФ налог можно принять к вычету только по счету-фактуре. Если за товары, работы или услуги рассчитались в инвалюте, а счет-фактуру оформили в рублях, то вычет применяют в сумме, которая в ней указана.

Ведомство рассмотрело ситуацию, когда организация купила товары по предоплате за инвалюту, а продавец при отгрузке счет-фактуру оформил в рублях с указанием (факультативно) инвалюты.

Источник: КонсультантПлюс